西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后……  　　原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。  　　被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！

因为憧憬的前辈、摄影部部长牧之原的毕业，新任摄影部部长雨宫五月陷入了消沉。在朋友雾山杏的鼓励下，五月重新振作起来，购买了新的全景相机，却迟迟没有到货。发现卖家就在附近的五月和杏找到了学校附近的粗点心店，与漫画家秋山春乃相遇了。之后，摄影部与敷岛樱子的电影部合并，成为了“电影摄影研究部”（日语：シネフォト研究部），共同帮助春乃的漫画取材。

诸国割据、战乱频生的五代十国。  　　后唐被后燕所灭，公主（李嘉欣）在柳若雄（李子雄）及赛小菁（杨丽菁）夫妇保护下逃亡，其父临终前，将一支藏有宝藏秘密的玉箫相交，公主找寻到宝藏便可复国。路上三人走散。公主误入夏侯谷，邂逅原是后晋太子的夏侯瑭（刘锡明），他正被姑姑（惠英红）所逼，苦练可以复国的独孤九剑，他的灭国仇敌正是公主。但因没有说破身份，两人反在后者的几番舍命相救生出真爱。柳若雄则被燕国师（刘洵）所擒，后者以利益作诱饵，令他生出叛逆之心。